کتاب «نگاهی به تاریخ تفکر امامیه از آغاز تا ظهور صفویه» در عین دارا بودن نکات مثبت و شایان تقدیر، دارای اشکالات و نکات قابل نقدی است که در این نوشتار، نمونههایی از آنها بررسی شده است.
یکی از مسائلی که در تاریخ تشیع همواره محل بحث بوده است، مسأله ظن به امامت اسماعیل پس از شهادت امام صادق (ع) است که در کتب اسماعیلیه و گاه امامیه بیان شده است. دلایلی که سبب ظن به امامت اسماعیل شده است، عبارت است از: روایات دال بر تعلق امامت به فرزند بزرگ تر، توجه و محبت امام به اسماعیل، وجود نص ساختگی، عدم شناخت مفهوم بداء، شایعه زنده بودن اسماعیل و تأثیر خفقان دوره عباسی در جلوگیری از معرفی علنی امام.