اجماع شیعه بر این است که برای دریافت معارف الهی، تمسک به کتاب و عترت ضروری است و رهاکردن هرکدام از این دو ثقل، گمراهی و ضلالت در پیش دارد؛ لکن آنچه باعث اختلاف میان علمای شیعه و سنی شده، کیفیت مراجعه به قرآن کریم و چگونگی برداشت مفاهیمی است که برای ما حجیت دارند. «تفسیر» و «تبیین آیات الهی»، نقش اصلی را در این برداشت دارند.
در رساله سطح ۳ امامت، شبهات مربوط به آیات و روایات تأویل شده به قیام امام مهدی(عج) بررسی شد.
اماميه در مباحث کلامي خود، بر 5 آيه اولي الامر، تطهير، ولايت، مودت و مباهله تاکيد دارند. بررسي تطبيقي تفاسير اماميه و زيديه از آغاز تا پايان عصر آل بويه در نيمه سده پنجم، از اين آيات و شناخت شباهت ها و تفاوت هاي تفسيري آنها، مساله اصلي اين مقاله است و دامنه آن به تفاسير ابوالجارود، مقاتل بن سليمان، قمي، حبري، فرات کوفي و شيخ طوسي محدود شده که در سه دوره اوليه (تا سال 150هجري)، مياني(تا پايان غيبت صغري در 329هجري) و پاياني(دوره آل بويه) طبقه بندي خواهد شد. در ابتدا مشخص شد که تفسير مقاتل کمترين شباهت را به تفاسير شناخته شده زيدي و اثني عشري دارد و از اين رو در نتايج به دست آمده در نظر گرفته نخواهد شد.
به دلیل وجود مسائل مهم علوم قرآنی در مصحف علی (ع) و زمان گردآوری آن، میتوان نتیجه گرفت که مصحف آن حضرت نخستین کتاب در حوزه علوم قرآنی میباشد.