یکی از مسائلی که در تاریخ تشیع همواره محل بحث بوده است، مسأله ظن به امامت اسماعیل پس از شهادت امام صادق (ع) است که در کتب اسماعیلیه و گاه امامیه بیان شده است. دلایلی که سبب ظن به امامت اسماعیل شده است، عبارت است از: روایات دال بر تعلق امامت به فرزند بزرگ تر، توجه و محبت امام به اسماعیل، وجود نص ساختگی، عدم شناخت مفهوم بداء، شایعه زنده بودن اسماعیل و تأثیر خفقان دوره عباسی در جلوگیری از معرفی علنی امام.