سوال از چرایی و علت غیبت امام زمان عجل الله تعالی فرجه نیز در موارد زیادی از خود ائمه اطهار علیهم السلام مورد سوال قرار گفته و پاسخ های گوناگونی نسبت به آن بیان شده است.
شیخ طوسی با پاسخگویی به بسیاری از شبهاتی که در باب امام زمان وجود دارد، از اعتقاد شیعیان در مورد امام زمان دفاع کرد. پاسخهایی که شیخ برگزید، تا قرنها مورد استناد فقهای شیعه قرار گرفته است. شاید هم شبهاتی که در مورد امام زمان(عج) بیان میشود هنوز همان سؤالات سابق باشد.